21 января 1941 г назначен гачальником строительства №5 Ленинградского метропоолитен, в годы ВОВ работал на строительстве железобетонных оборонительных сооружений на Карельском перешейке, подъездных путей линий Войбокало – мыс Коса, портовых сооружений на Ладоге. В апреле 1942 г. Назначен начальником Управления военно-восстановительных и заградительных работ 32 Ленинградского фронт. В январе 1943 после прорыва блокады Ленинграда, воины-железнодорожники УВВР-2 под руководством Зубкова выполнили задачу, аналоговой который не было в мировой истории строительства железных дорог: за 18 дней в труднопроходимых болотах была построена железная дорога протяженностью 33 км, два железнодорожных и автомобильный мосты через Неву у Шлиссельбурга, подготовлены резервы средств и техники для экстренного ремонта. Удостоен звапния Героя Социалистического Труда, награжден рденами Красного Зннамени, Красной Звезды, Ленина, Отечественной войны 1-й степени (посмертно), медаляит «За трудовую доблесть», «За оборону Ленинграда».